研究人员开发了用于病毒发现的序列分析管道

赫尔辛基大学的研究人员开发了一种新型的生物信息学管道，称为Lazypipe，用于识别宿主相关或环境样品中的病毒。该管道是在病毒学家和生物信息学家之间密切合​​作下开发的。研究人员认为，他们已经成功解决了病毒宏基因组学通常遇到的许多挑战。

 

此前，由Olli Vapalahti教授领导的病毒人畜共患病研究小组发表了两个实例，这些实例是由Lazypipe从野生动物中鉴定出的新型和潜在的人畜共患性病毒制剂，可以用作载体。从肯尼亚的Mops condylurus蝙蝠的粪便和器官样本中鉴定出一种新的埃博拉病毒，并从东北部的tick中鉴定出一种新的由tick传播的病原体沿山病毒。

Teemu Smura博士说：“这些例子证明了Lazypipe数据分析对具有非常不同的DNA / RNA背景的NGS文库的有效性，涉及从哺乳动物组织到合并和压碎的节肢动物。

当前的冠状病毒大流行增加了以无偏见的方式快速检测以前未知的病毒的需求。

Ravi Kant博士说：“在没有参考基因组的情况下检测到SARS-CoV-2，证明了Lazypipe在新型人畜共患病毒制剂出现的情况下的效用，并且可以通过NGS测序从临床样品中快速检测出。”

4月初，研究小组使用Lazypipe测试了SARS-CoV-2阳性样本的文库。

Ilja Pljusnin博士说：“我们确认，该管道在默认设置下且没有SARS-CoV-2参考基因组的10个库中，有9个检测到SARS-CoV-2 。”

Assoc补充说：“懒惰管可能在预测新兴传染病中起关键作用。” Tarja Sironen教授。

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来源：生物探索

 

qPCR法介绍：

荧光定量PCR法（qPCR）：是在常规PCR基础上，将『针对支原体特异性保守序列的探针』做荧光标记，使PCR扩增后的产物带有荧光，利用荧光信号的变化和配套软件，进行DNA扩增反应的实时监测，简称qPCR。

优点：①灵敏度高、特异性强。

②时间短，2-3小时出结果。

③检测结果可定量。

④操作简便。

缺点：①对于已做支原体灭活处理的样品，由于支原体DNA仍旧存在其中，PCR结果会出现假阳性。（可用培养法做补充验证）

②不同厂家生产的试剂盒质量